कोंकण पाटबंधारे विकास महामंडळाची स्थापना सन 1997 च्या शासन अध्यादेश क्र.17 अन्वये झाली व महामंडळाचे कार्यालय ठाणे येथे दिनांक 1-1-1998 पासून कार्यरत झाले. महामंडळाचे कार्यक्षेत्र कोंकण खोऱ्यातील पालघर, ठाणे, रायगड, रत्नागिरी व सिंधुदुर्ग या पाच जिल्ह्यात येते.
1 मे 2007 पासून शासनाकडील मुख्य अभियंता यांचे कार्यालय त्यांच्याकडील बांधकामाधीन व अन्वेषणाधीन प्रकल्पासह महामंडळाकडे वर्ग झाल्याने नाशिक जिल्हयातील पश्चिम वाहिनी खोऱ्यातील प्रकल्प महामंडळाकडे वर्ग झाले.
17 नोव्हेंबर 2016 पासून सिंचन प्रकल्पाचे व्यवस्थापन महामंडळाकडे वर्ग करण्यात आलेले आहे.
1 मे 2007 पासून शासनाकडील मुख्य अभियंता यांचे कार्यालय त्यांच्याकडील बांधकामाधीन व अन्वेषणाधीन प्रकल्पासह महामंडळाकडे वर्ग झाल्याने नाशिक जिल्हयातील पश्चिम वाहिनी खोऱ्यातील प्रकल्प महामंडळाकडे वर्ग झाले.
17 नोव्हेंबर 2016 पासून सिंचन प्रकल्पाचे व्यवस्थापन महामंडळाकडे वर्ग करण्यात आलेले आहे.